Nguyên nhân chính là do thực phẩm bị nhiễm vi sinh vật gây bệnh và do độc tố tự nhiên như cá nóc, cóc, nấm độc, cây rừng… Điều kiện thời tiết thuận lợi cho sự phát triển động thực vật chứa độc tố tự nhiên; ô nhiễm môi trường và thiếu nước sạch để chế biến, vệ sinh dụng cụ. Nhu cầu sử dụng các thực phẩm tươi sống, thực phẩm không qua nhiệt, thức ăn đường phố, nước giải khát, nước đá tăng cao ở cả gia đình, bếp ăn tập thể ở khu công nghiệp, trường học, khu du lịch, bữa ăn đông người…
Hiện tại Cục An toàn thực phẩm chỉ đạo Công văn số 949/ATTP-NĐTT ngày 17 tháng 4 năm 2020 về việc tăng cường công tác bảo đảm an toàn thực phẩm, phòng chống ngộ độc thực phẩm trong mùa hè và bão, lụt.
Để đảm bảo phòng chống ngộ độc thực phẩm trong mùa hè và bão, lụt sắp tới có hiệu quả, Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm Bến Tre đề nghị các cơ sở sản xuất kinh doanh thực phẩm, dịch vụ ăn uống thực hiện đầy đủ các quy định về điều kiện chung bảo đảm an toàn thực phẩm, tại cơ sở của mình.
Các cơ sở kinh doanh dịch vụ ăn uống hiện nay cần lưu ý, người chế biến thức ăn, phục vụ ăn uống phải đeo khẩu trang khi chế biến, tiếp xúc trực tiếp với thức ăn; giữ khoảng cách tiếp xúc giữa nhân viên chế biến, phục vụ và người xử dụng thực phẩm. Khu chế biến thức ăn phải có nơi rửa tay và dung dịch khử khuẩn bàn tay. Khu vực ăn uống phải có đủ nước sạch và xà phòng để rửa tay, dung dịch khử khuẩn bàn tay, đảm bảo sạch sẽ, thoáng mát, đủ bàn nghế và bố trí khoảng cách giữa những người ăn uống; có đủ dụng cụ ăn uống bảo đảm riêng biệt cho từng người ăn uống, khử khuẩn trước và sau khi sử dụng.
Khuyến cáo các cá nhân và tổ chức sản xuất kinh doanh thực phẩm và người tiêu dùng tuyệt đối không sử dụng gia súc, gia cầm chết bệnh, chết không rõ nguyên nhân làm thức ăn hoặc chế biến thực phẩm, thực hiện ăn chín, uống chín, đồng thời không thu hái, đánh bắt, kinh doanh, sử dụng các động thực vật như nấm độc, côn trùng lạ độc, cá nóc, so biển, ốc lạ, quả lạ, thực phẩm bị ôi thiu, hỏng, mốc, không rõ nguồn gốc, quá hạn sử dụng, tự chọn mua với những thực phẩm tươi, sống, nhãn mác rõ ràng còn hạn sử dụng, sơ chế, chế biến, bảo quản và sử dụng thực phẩm an toàn để bảo đảm sức khỏe cho mình và mọi người.