Vắc- xin EV71 là vắc-xin của Đài Loan sản xuất, đã được nghiên cứu giai đoạn 1, giai đoạn 2 tại quốc gia này. Kết quả của giai đoạn 1 và 2 cho thấy vắc-xin tạo được ngưỡng kháng thể giúp cho trẻ bảo vệ được bệnh. Hiện tại, vắc-xin đang được nghiên cứu tiếp giai đoạn 3. Nghiên cứu giai đoạn 3 nhằm chứng minh được kháng thể thật sự ngừa được bệnh cho các trẻ tham gia nghiên cứu. Đây là một nghiên cứu hết sức có ý nghĩa trong công tác phòng chống bệnh Tay chân miệng nói chung cũng như góp phần bảo vệ trẻ không mắc chủng EV71 nói riêng. Vắc xin EV 71 sẽ được tiêm 2 liều, cách nhau 1 tháng.
Đến nay, Bến Tre có khoảng 100 trẻ đã tham gia chương trình thử nghiệm và tiêm vắc xin EV71. Trước khi tham gia nghiên cứu, thử nghiệm, phụ huynh của các bé được truyền thông, tư vấn kĩ về vắc xin, ký phiếu đồng thuận, trẻ được khám sàng lọc kĩ lưỡng từ tình trạng sức khỏe hiện tại cho đến các hồ sơ pháp lý liên quan, đồng thời sẽ được theo dõi các vấn đề về sức khỏe sau tiêm… trong thời gian ít nhất 01 năm và được thực hiện bởi đội ngũ y, bác sĩ đã có nhiều năm kinh nghiệm của Bệnh viện Nguyễn Đình Chiểu.
Trước đó, Vĩnh Long cũng đã tiến hành chương trình nghiên cứu với hơn 700 trẻ tham gia. Qua 800 trường hợp tham gia tiêm ở Bến Tre và Vĩnh Long, không ghi nhận các trường hợp có phản ứng nặng sau tiêm, số ít có các phản ứng thông thường như tiêm các vắc-xin đã được lưu hành khác như: sốt, có cảm giác mệt mỏi, buồn nôn, đau, sưng đỏ chổ tiêm... các phản này tự khỏi sau thời gian ngắn.
